Affecté en mars 1940 à la base aérienne de Canrobert, il rejoint celle de Meknès en juillet 1940. Contraint à l'inaction par l'armistice, il tente avec quelques camarades de rallier les Forces françaises libres en passant par Gibraltar.

Ne parvenant pas à mettre en route l'appareil choisit pour l'évasion, le petit groupe est arrêté au départ, sur le terrain d'aviation de Fez en janvier 1941.

Le 28 août, pour sa première mission de liaison, l'avion estafette U2 biplace à bord duquel se trouve Jean Rey s'égare et passe les lignes allemandes dans la région de Ielnia. Violemment pris à parti par la Flak allemande, l'appareil est criblé de projectiles et l'aspirant Rey est tué à son poste d'observation par des éclats d'obus.

Le pilote de l'avion, le sous-lieutenant Astier, malgré une blessure, parvient à ramener l'appareil et le corps de Jean Rey dans les lignes russes; il avait accompli 300 heures de vol.

Jean Rey est inhumé dans sa ville natale de Bergerac.